肛肠科创建于二十世纪五十年代，经过几代人的不懈努力，已发展成具有中医和中西医结合特色、人员梯队结构合理、专科设备齐全、技术水平先进的中医特色专科。科室拥有门诊、病区、实验室、肠镜室等，目前是浙江省中医药管理局重点专科，全国中医肛肠诊疗中心浙江分中心，科室现有医师12人，其中主任医师2人，主治医师6人，住院医师4人，硕士研究生9人，科室开放床位25张。曾多次承办国家级、省级继续教育学习班，学员来自全国各地。发表学术论文40余篇，完成科研课题10余项，获省、市科研成果奖3项，目前在研省自然基金课题1项，省中管局课题1项，市卫生局课题2项。
    科室中医特色突出，临床疗效显著，在治疗肛肠疾病方面有独特的方法和手段。研制的痔瘘洗剂、消肿止痛Ⅰ号、冲和膏、二母散等散剂、洗剂、药膏等20多种，用于口服、坐浴，具有消栓、止痛、止血等作用；应用于痔伴有水肿，血栓形成，感染、出血、脱出等具有良好的疗效，自制的中药系列外用药如玉红膏、消炎止痛膏、紫草油膏等，用于术后换药，可缩短创口愈合时间，减轻疼痛；开展的耳针针刺、穴位按压等治疗，对术后止痛起到了很好的效果，又减少了尿潴留的发生率。拥有微波、红外、激光、注射、扩肛按摩、电容场封闭式钳夹等系列器械物理治疗。能较全面的治疗肛肠科各类疾病，且疗效突出。科室在传统的基础上，开展了环状混合痔的改良分段结扎术，PPH术，肛瘘的保护括约肌切除一期缝合术，复杂性肛瘘的主管切开、支管旷置、分段挂线术，马蹄形及半马蹄形脓肿内口切开、多点开窗引流、浮紧线挂线术，肛裂皮瓣移植缝合术，均取得了较好的疗效，避免了肛门狭窄和肛门失禁等后遗症。同时发扬中西医结合的特色，应用现代设备辅助诊疗：如运用腔内B超观察痔疮患者肛管局部血流的变化，探讨其发病与痔疮分期的关系，以指导治疗；肛管B超、MRI、CT等，提高了高位脓肿、隐性肛瘘的检出率等。
    科室拥有德国产肌电图机、荷兰产胃肠动力测压仪等，能进行完整的盆底功能检测，包括排粪造影、结肠传输试验、肛门直肠测压、肛管肌电图、气囊逼出试验等常规检查，还能进行盆腔直肠阴道膀胱四重造影及肠道激素的测定等，以明确便秘的原因。采用自制的通便贴敷贴于手臂支沟穴，起药物透吸与穴位按压双重疗效。已开展便秘矫治手术11种，生物反馈治疗配合术后中药辨证治疗，取得了较好的疗效。
我科采用“寒热并用，攻补兼施，气血同行”结合“微生态治疗”治疗炎症性肠病，取得了较好的效果。采用中药口服，中西药保留灌肠，及与腔内治疗相结合，在肠镜直视下，用清热解毒、活血消肿、祛腐生肌的药物直接喷淋病变区，取得了较好的疗效。
    科室拥有Olympus240、260、双腔镜等电子肠镜4台及高频电灼器等，除能行常规的检查、诊断外，能开展大肠息肉的圈套切除，电活检钳夹除及对宽蒂息肉、侧方发育性息肉及原位癌能行EMR术，并能开展镜下取异物、止血，低位肠梗阻的解除、肠套叠的复位等急诊肠镜的检查与治疗。
    科室开展结直肠癌的10种主要术式，从90年开始开展了中、下段直肠癌的保肛手术， 2007年开展了腹腔镜下结、直肠癌根治术，2009年引进开展了早期直肠癌的微创手术（TEM）,完善了治疗肿瘤的手术方法。还运用腹腔镜完成小肠恶性肿瘤，FAP的全结肠切除、回肠储袋成形、回肛管吻合术等高难度手术。并能进行派杰病等少见肛门恶性肿瘤的手术。并术后配合化疗,中药口服等治疗,提高免疫力,延长生存,提高生活质量。